El tema de tocar una base de datos no es nada facil para nadie y mas si añades el termino codificaciones, estos dos temas juntos son muy delicados han habido en la historia varias BDs muertas por este mismo problema (y a que claro los descuidados admin no hicieron backup antes de empezar).

Realmente no me extraña que no te halla funcionado ya que la version 2.0.1 de mis convertidor tiene bugs conocidos para ciertos ambientes y analizando tu servidor puedo ver las mismas…

Una solucion quieres?

Bueno cuando la gente me contacta para saber que puede hacer en dado caso que nada les funcione (incluyendo mi plguin), suelo sugerir cualquiera de las siguientes acciones:

A) Hazlo a mano: si tienes (o crees tener) los suficientes conocimientos de SQL podras hacer el trabajo a mano sin ningun problema, aunque claro te enfrentaras a los problemas al momento y los tendras que resolver y deducir; como dije si no te sientes apto para estar listo a enfrentarte a los mismos no lo intentes por que si te puedes encontrar con problemas serios en que necesites cambiar alguna estructura y si estas no son devueltas a su estado original podrias dejar inservible alguna parte o todo de WordPress.

B) No te cambies a UTF-8, no es necesario realmente hacer el cambio a UTF-8 puedes simplemente ir a tu wp-config y cambiar el juego de caracteres y la colacion con la que se encuentre actualmente tu blog, al ser una instalacion por defecto proveniente de un WP antiguo lo normal es que el juego de caracteres (charset) sea “latin1″ y la colacion (collation) sea “latin1_swedish_ci” asi podrias seguri teniendo lo mismo sin ningun problema, claro esta no es una solucion “formal” pero si es al menos un solucion que te sacara del problema, mas info sobre esto en:
http://codex.wordpress.org/Editing_wp-config.php#Database_character_set

C) Conviertelo aparte, algunas personas prefieren sacar un respaldo de su BD y hacer que algun editor de texto les convierta esos “malos” caracteres de latin1 a utf-8 y luego asi importar la nueva (como utf8) y obtener el mismo resultado que haberlo hecho de cualquier otra forma.

Me he fijado de algo tambien sumamente importante, tienes seteado el charset de tu web al ISO-8859-1 (o bien latin1), esto forza a los navegadores a tratar la informacion como si fuera latin1 (sea cual sea la codificacion), espero este valor haya sido cambiando tambien durante tu proceso de conversion ya que de lo contrario no verias una conversion perfecta nunca (es como si quisieras ver mi web en formato ISO-8859-1 que esta en UTF-8, asi como si yo forzara la tuya para verse en UTF-8 estando en ISO-8859-1) espero que lo hallas tomado en cuenta (asi como el mismo dentro del wp-config -ver el enlace anterior-).

Espero te sirvan de algo mis consejos, ah y claro que si existara una version compatible con wp 2.3 de mi convertidor (asi como la que reparara varios bugs), solo que ahora por problemas de trabajo y de la escuela he tenido el tiempo sumamente consumado (ahora ando de viaje de hecho) y pues al ser una labor realmente de mero empeño (o bien una labor altruista) pues no tengo el tiempo como para darle lo que yo mismo daria de mi.

Saludos